慢性（８週間以上続く）咳
問診と診察に加えて胸部単純X線写真・呼吸機能検査・血液検査を行います。これらで異常がない場合、慢性咳嗽として診断的治療を行います。
まず、痰がからんでいるかいないかで分けます。
痰の絡んだ咳
痰を出すために咳がでます。痰が出る原因を治療します。痰のでる原因は副鼻腔気管支症候群のことが多いです。のどの奥に膿性鼻汁が垂れているのが見えます（後鼻漏）。　鼻をすすらずに、鼻をかむようにします。当院では少量のクラリスロマイシン（5mg/kg）を処方します。
痰のない乾いた咳
咳喘息による咳
気管支の壁の深いところに平滑筋収縮があります。この平滑筋の収縮に対して知覚神経が過敏に反応して咳がでることがあります。これを咳喘息と呼んでいます。平滑筋を拡張させる薬（気管支拡張薬）で咳は改善します。ロイコトリエン受容体拮抗薬も有効です。

アトピー咳嗽・胃食道逆流・薬剤性咳嗽・たばこの煙など汚染された空気吸入による咳
気管支の壁の浅いところにある知覚神経が過敏になり咳が発生することがあります。アトピー咳嗽・胃食道逆流・薬剤性咳嗽・たばこの煙など汚染された空気の吸入による咳です。
アトピー咳嗽は抗ヒスタミン剤内服が効果的です。胃食道逆流にはプロトンポンプ阻害薬PPIを8週間内服してその効果を見ます。また、気道内異物・腫瘍・結核など重大な病気がないか見直すことも必要です。
痰のない乾いた咳の治療的診断
まず、気管支拡張薬を処方します。改善すれば咳喘息と診断します。不変であれば次に抗ヒスタミン薬を処方します。改善すればアトピー咳嗽と診断します。抗ヒスタミン薬も無効であれば、プロトンポンプ阻害薬を処方することもあります。また、重大な疾患が隠れていないか見直すことも必要です。